PubMed הוא מסד נתונים חינמי הכולל בעיקר את מסד הנתונים MEDLINE של הפניות ותקצירים על מדעי החיים ונושאים ביו-רפואיים. הספרייה הלאומית לרפואה של ארצות הברית (NLM) במכון הלאומי לבריאות מתחזקת את מסד הנתונים כחלק ממערכת אחזור המידע של אנטרז.
מ-1971 עד 1997, הגישה המקוונת למסד הנתונים של MEDLINE הייתה בעיקר דרך מתקנים מוסדיים, כגון ספריות אוניברסיטאות. PubMed, שיצא לראשונה בינואר 1996, הוביל את עידן החיפוש הפרטי, החינמי, הביתי והמשרדי של MEDLINE.
מערכת PubMed הוצעה בחינם לציבור החל מיוני 1997.
תוכן
בנוסף ל- MEDLINE, PubMed מספקת גישה ל:
הפניות ישנות יותר מהגרסה המודפסת של Index Medicus, חזרה לשנת 1951 ואילך
הפניות לכמה כתבי עת לפני שצורפו לאינדקס Medicus ו- MEDLINE, למשל Science, BMJ ו- Annals of Surgery
רשומות עדכניות מאוד לרשומות של מאמר לפני שנוספה לאינדקס עם כותרות נושא רפואי (MeSH) ונוספה ל- MEDLINE
אוסף של ספרים זמינים בטקסט מלא וקבוצות משנה אחרות של רשומות NLM
ציטוטי PMC
מדף הספרים של NCBI
רשומות רבות של PubMed מכילות קישורים למאמרי טקסט מלא, שחלקם זמינים באופן חופשי, לעתים קרובות ב- PubMed Central ובמראות מקומיות, כגון Europe PubMed Central.
מידע על כתבי העת המופיעים ב- MEDLINE, וזמין דרך PubMed, נמצא בקטלוג NLM.
נכון ל-23 במאי 2023, ל-PubMed יש יותר מ-35 מיליון ציטוטים ותקצירים משנת 1966, באופן סלקטיבי לשנת 1865, ובאופן סלקטיבי מאוד לשנת 1809. נכון לאותו תאריך, 24.6 מיליון מהרשומות של PubMed רשומות עם התקצירים שלהם, וכן ל-26.8 מיליון רשומות יש קישורים לגרסאות טקסט מלא (מתוכם 10.9 מיליון מאמרים זמינים, טקסט מלא בחינם). במהלך 10 השנים האחרונות (המסתיימות ב-31 בדצמבר 2019), נוספו בממוצע כמעט מיליון שיאים חדשים בכל שנה.
בשנת 2016, NLM שינתה את מערכת האינדקס כך שבעלי אתרים יוכלו לתקן ישירות שגיאות הקלדה ושגיאות במאמרים באינדקס של PubMed.
דווח כי PubMed כולל כמה מאמרים שפורסמו בכתבי עת טורפים. מדיניות MEDLINE ו-PubMed לבחירת כתבי עת להכללת מסד נתונים שונה במקצת. חולשות בקריטריונים ובנהלים לאינדקס כתבי עת ב-PubMed Central עלולות לאפשר לפרסומים מכתבי עת דורסים לדלוף לתוך PubMed.
הספרייה הלאומית לרפואה הגיבה כי ניתן לכלול מאמרי כתב עת בודדים ב-PMC כדי לתמוך במדיניות הגישה הציבורית של מממני מחקר וכי מדיניות קפדנית לגבי כתבי עת ומוציאים לאור מבטיחה את שלמות מאגרי הספרות של NLM.
מאפיינים
עיצוב אתר
ממשק PubMed חדש הושק באוקטובר 2009 ועודד את השימוש בניסוחי חיפוש מהירים כאלה כמו גוגל; הם תוארו גם כחיפושי 'טלגרם'. כברירת מחדל, התוצאות ממוינות לפי אחרונות, אך ניתן לשנות זאת להתאמה הטובה ביותר, תאריך פרסום, מחבר ראשון, מחבר אחרון, כתב עת או כותרת.
עיצוב האתר והדומיין של PubMed עודכן בינואר 2020 והפך לברירת מחדל ב-15 במאי 2020, עם התכונות המעודכנות והחדשות.
הייתה תגובה ביקורתית של חוקרים רבים שמשתמשים לעתים קרובות באתר.
PubMed עבור מכשירי כף יד/ניידים
ניתן לגשת ל- PubMed/MEDLINE באמצעות מכשירי כף יד, באמצעות למשל אפשרות "PICO" (לשאלות קליניות ממוקדות) שנוצרה על ידי ה-NLM. זמינה גם אפשרות "PubMed Mobile", המספקת גישה לגרסת PubMed ידידותית לנייד, פשוטה.
חפש
חיפוש רגיל
ניתן לבצע חיפושים פשוטים ב-PubMed על ידי הזנת היבטים מרכזיים של נושא בחלון החיפוש של PubMed.
PubMed מתרגם את ניסוח החיפוש הראשוני הזה ומוסיף אוטומטית שמות שדות, מונחי MeSH (כותרות נושא רפואי) רלוונטיים, מילים נרדפות, אופרטורים בוליאניים ו'מקנן' את המונחים המתקבלים בצורה מתאימה, תוך שיפור משמעותי בניסוח החיפוש, במיוחד על ידי שילוב שגרתי (באמצעות OR אופרטור) מילות טקסט ומונחי MeSH.
הדוגמאות שניתנו במדריך של PubMed מדגימות כיצד התהליך האוטומטי הזה עובד:
גורמים להליכה בשינה מתורגמים כ"אטיולוגיה"OR "אטיולוגיה"OR "סיבות"OR "סיבתיות"OR "סיבתיות") AND ("somnambulism "OR "somnambulism"OR ("שינה"ו"הליכה") או "הליכה בשינה")
כמו כן,
התקפה רכה מניעת אספירין מתורגמת כ"אוטם שריר הלב"OR ("שריר הלב"ו"אוטם") או "אוטם שריר הלב"OR ("לב"שדות] ו"התקפה") או "התקף לב") AND ("אספירין"OR "אספירין") AND ("מניעה ובקרה"OR ("מניעה"ו"שליטה") או "מניעה ובקרה"OR "מניעה")
חיפוש מקיף
לחיפושים אופטימליים ב-PubMed, יש צורך להבין את מרכיב הליבה שלו, MEDLINE, ובמיוחד של אוצר המילים הנשלט MeSH (Medical Subject Headings) המשמש לאינדקס מאמרי MEDLINE. הם עשויים לדרוש גם אסטרטגיות חיפוש מורכבות, שימוש בשמות שדות (תגים), שימוש נכון במגבלות ותכונות אחרות; ספרני עזר ומומחי חיפוש מציעים שירותי חיפוש.
החיפוש בחלון החיפוש של PubMed מומלץ רק לחיפוש של נושאים חד משמעיים או התערבויות חדשות שעדיין לא נוצרה להן כותרת MeSH, וכן לחיפוש מותגים מסחריים של תרופות ושמות עצם. זה שימושי גם כאשר אין כותרת מתאימה או שהמתאר מייצג היבט חלקי. החיפוש באמצעות התזאורוס MeSH מדויק יותר וייתן פחות תוצאות לא רלוונטיות. בנוסף, זה חוסך את החיסרון של חיפוש טקסט חופשי שבו יש לקחת בחשבון את ההבדלים באיות, יחיד/רבים או מקוצרים. מהצד השני, לא יימצאו מאמרים ששולבו לאחרונה במסד הנתונים שעדיין לא הוקצו להם תיאורים.
לכן, כדי להבטיח חיפוש ממצה, יש להשתמש בשילוב של כותרות שפה מבוקרות ומונחי טקסט חופשי.
פרמטרים של מאמרי כתב עת
כאשר מאמר בכתב עת מתווסף לאינדקס, פרמטרים רבים של מאמר נשלפים ומאוחסנים כמידע מובנה. פרמטרים כאלה הם: סוג מאמר (מונחי MeSH, למשל, "ניסוי קליני"), מזהים משניים, (מונחי MeSH), שפה, ארץ כתב העת או היסטוריית פרסומים (תאריך פרסום אלקטרוני, תאריך פרסום כתב עת מודפס).
סוג פרסום: שאילתות קליניות/סקירות שיטתיות
פרמטר סוג פרסום מאפשר חיפוש לפי סוג הפרסום, כולל דיווחים על סוגים שונים של מחקרים קליניים.
מזהה משני
מאז יולי 2005, תהליך האינדקס של המאמר של MEDLINE מחלץ מזהים מתקציר המאמר ומכניס אותם לשדה שנקרא מזהה משני (SI). שדה המזהה המשני הוא אחסון מספרי הצטרפות למאגרי מידע שונים של נתוני רצף מולקולרי, ביטוי גנים או תרכובות כימיות ומזהי ניסויים קליניים.
עבור ניסויים קליניים, PubMed מחלצת מזהי ניסוי עבור שני רישומי הניסויים הגדולים ביותר: ClinicalTrials.
gov (מזהה NCT) ו-International Standard Randomized Trial Number Register (מזהה IRCTN).
ראה גם
ניתן לסמן הפניה שנחשבת רלוונטית במיוחד ולזהות "מאמרים קשורים". אם רלוונטי, ניתן לבחור מספר מחקרים ולהפיק מאמרים קשורים לכולם (ב-PubMed או בכל אחד ממאגרי המידע האחרים של NCBI Entrez) באמצעות האפשרות 'מצא נתונים קשורים'. המאמרים הקשורים רשומים אז לפי סדר "קשורות".
כדי ליצור רשימות אלה של מאמרים קשורים, PubMed משווה מילים מהכותרת ומהתקציר של כל ציטוט, כמו גם כותרות MeSH שהוקצו, באמצעות אלגוריתם רב עוצמה משוקלל מילים.
הפונקציה 'מאמרים קשורים' נחשבה כה מדויקת, עד כי מחברי המאמר הציעו שניתן להשתמש בה במקום חיפוש מלא.
מיפוי ל-MeSH
PubMed מקשר אוטומטית למונחים ולכותרות משנה של MeSH. דוגמאות יהיו: "ריח רע מהפה" מקשר (וכולל בחיפוש) "הליטוזיס", "התקף לב" ל"אוטם שריר הלב", "סרטן השד" ל"ניאופלסמה בשד". במידת הצורך, מונחי MeSH אלה "מורחבים" באופן אוטומטי, כלומר כוללים מונחים ספציפיים יותר. מונחים כמו "סיעוד" מקושרים אוטומטית ל"סיעוד " או "סיעוד ". תכונה זו נקראת Auto Term Mapping והיא מופעלת, כברירת מחדל, בחיפוש טקסט חופשי אך לא בחיפוש ביטויים מדויקים (כלומר, הגדר את שאילתת החיפוש במירכאות כפולות).
תכונה זו הופכת את חיפושי ה-PubMed לרגישים יותר ונמנעת מכניסות שווא-שליליות (שמוחמצות) על ידי פיצוי על מגוון הטרמינולוגיה הרפואית.
PubMed אינו מיישם מיפוי אוטומטי של המונח בנסיבות הבאות: על ידי כתיבת הביטוי המצוטט (למשל, "אלושתל כליות"), כאשר הוא קטוע על הכוכבית (למשל, הכליה אלגנטית*), וכאשר מסתכלים עם תוויות שדה (למשל, סרטן ).
NCBI שלי
המתקן האופציונלי של PubMed "My NCBI" (עם רישום חינם) מספק כלים עבור
שמירת חיפושים
סינון תוצאות חיפוש
הגדרת עדכונים אוטומטיים הנשלחים בדואר אלקטרוני
שמירת קבוצות של הפניות שאוחזרו כחלק מחיפוש ב-PubMed
הגדרת תבניות תצוגה או הדגשת מונחי חיפוש
ועוד מגוון רחב של אפשרויות.
ניתן לגשת לאזור "ה-NCBI שלי" מכל מחשב עם גישה לאינטרנט.
גרסה קודמת של "My NCBI" נקראה "PubMed Cubby".
LinkOut
LinkOut הוא מתקן NLM לקישור והפיכת החזקות בכתב עת מקומי בטקסט מלא. כ-3,200 אתרים (בעיקר מוסדות אקדמיים) משתתפים במתקן NLM זה (נכון למרץ 2010, מאוניברסיטת אלבורג בדנמרק ועד ZymoGenetics בסיאטל.
משתמשים במוסדות אלה רואים את הלוגו של המוסד שלהם בתוצאת החיפוש של PubMed (אם כתב העת מוחזק באותו מוסד) ויכולים לגשת לטקסט המלא.
Link out מאוחד עם Outside Tool החל מעדכון הפלטפורמה העיקרי שיגיע בקיץ 2019.
PubMed Commons
בשנת 2016, PubMed מאפשרת למחברי מאמרים להגיב על מאמרים שנוספו על ידי PubMed.
תכונה זו נוסתה תחילה במצב פיילוט (מאז 2013) ונעשתה קבועה בשנת 2016.
בפברואר 2018, PubMed Commons הופסק עקב העובדה ש"השימוש נותר מינימלי".
askMEDLINE
askMEDLINE, כלי שאילתות בשפה טבעית בטקסט חופשי עבור MEDLINE/PubMed, שפותח על ידי ה-NLM, מתאים גם למחשבי כף יד.
מזהה PubMed
לעזרה בשימוש במזהי PubMed בתוך ויקיפדיה, ראה ויקיפדיה:PMID.
PMID מזהה PubMed או מזהה ייחודי של PubMed) הוא ערך שלם ייחודי, שמתחיל ב- 1, המוקצה לכל רשומת PubMed. PMID אינו זהה ל- PMCID (מזהה PubMed Central) שהוא המזהה של כל העבודות המתפרסמות ב- PubMed Central החופשי לגישה.
הקצאת PMID או PMCID לפרסום אינו אומר לקורא דבר על סוג או איכות התוכן. PMIDs מוקצים למכתבים לעורך, לחוות דעת מערכת, עמודות מאמר, ולכל יצירה אחרת שהעורך בוחר לכלול בכתב העת, כמו גם מאמרים שנבדקו עמיתים. קיומו של מספר הזיהוי גם אינו הוכחה לכך שהניירות לא נסוגו בשל הונאה, חוסר יכולת או התנהגות בלתי הולמת. להודעה על תיקונים כלשהם למסמכים מקוריים ניתן להקצות PMID.
כל מספר המוזן בחלון החיפוש של PubMed מטופל כברירת מחדל כאילו היה PMID. לכן, ניתן לאתר כל הפניה ב-PubMed באמצעות ה-PMID.
ממשקים חלופיים
MEDLINE הוא אחד ממאגרי המידע הנגישים באמצעות PubMed. מספר חברות מספקות גישה ל- MEDLINE דרך הפלטפורמות שלהן.
הספרייה הלאומית לרפואה משכירה את המידע של MEDLINE למספר ספקים פרטיים כגון Embase, Ovid, Dialog, EBSCO, Knowledge Finder וספקים מסחריים, לא מסחריים ואקדמיים רבים אחרים. נכון לאוקטובר 2008, הונפקו יותר מ-500 רישיונות, יותר מ-200 מהם לספקים מחוץ לארצות הברית.
מכיוון שרשיונות להשתמש בנתוני MEDLINE זמינים בחינם, ה-NLM למעשה מספק שדה בדיקה חינמי למגוון רחב של ממשקים חלופיים ותוספות צד שלישי ל-PubMed, אחד מכמה מאוד מסדי נתונים גדולים ואצורים מקצועיים שמציעים זאת אופציה.
Lu מזהה מדגם של 28 גרסאות PubMed נוכחיות וחינמיות, שאינן דורשות התקנה או רישום, המקובצות לארבע קטגוריות:
דירוג תוצאות החיפוש, למשל: eTBLAST ; MedlineRanker; MiSearch;
קיבוץ תוצאות לפי נושאים, מחברים, כתבי עת וכו', למשל: Anne O'Tate ; ClusterMed;
שיפור הסמנטיקה והדמיה, למשל: EBIMed; MedEvi.
ממשק חיפוש וחוויית אחזור משופרים, למשל, askMEDLINE BabelMeSH; ו-PubCrawler.
מכיוון שרוב החלופות הללו ואחרות מסתמכות בעיקר על נתוני PubMed/MEDLINE המושכרים ברישיון מה-NLM/PubMed, הוצע המונח "נגזרים של PubMed". ללא צורך באחסון של כ-90 GB של ערכות נתונים מקוריות של PubMed, כל אחד יכול לכתוב יישומי PubMed באמצעות ממשק eutils-application program כפי שמתואר ב"The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More", מאת אריק סיירס, דוקטורט. מחוללי פורמטים של ציטוטים שונים, המקבלים מספרי PMID כקלט, הם דוגמאות ליישומי אינטרנט העושים שימוש בממשק eutils-application program. דפי אינטרנט לדוגמה כוללים Generator Citation – Mick Schroeder, Pubmed Citation Generator – Ultrasound of the Week, PMID2cite, ו- Cite this for me.
כריית נתונים של PubMed
שיטות חלופיות לכרות את הנתונים ב-PubMed משתמשות בסביבות תכנות כגון Matlab, Python או R. במקרים אלה, שאילתות של PubMed נכתבות כשורות קוד ומועברות ל-PubMed ולאחר מכן התגובה מעובדת ישירות בסביבת התכנות. ניתן לבצע קוד אוטומטי כדי לבצע שאילתות שיטתית עם מילות מפתח שונות כגון מחלה, שנה, איברים וכו'.
בנוסף לתפקידה המסורתי כמסד נתונים ביו-רפואי, PubMed הפכה למשאב נפוץ להכשרת מודלים של שפה ביו-רפואית. ההתקדמות האחרונה בתחום זה כוללת פיתוח של מודלים כמו PubMedGPT, מודל של 2.7B פרמטרים שהוכשר על נתוני PubMed על ידי Stanford CRFM, ו-BiomedCLIP-PubMedBERT של מיקרוסופט, המשתמשת בצמדי כיתוב דמויות מ-PubMed Central לעיבוד שפת ראייה. מודלים אלה מדגימים את הפוטנציאל המשמעותי של נתוני PubMed בשיפור היכולות של AI ביישומי מחקר רפואי ויישומי בריאות. התקדמות כזו מדגישה את ההצטלבות ההולכת וגוברת בין כריית נתונים בקנה מידה גדול ופיתוח AI בתחום הביו-רפואי.
ניתן לשקף את הנתונים הנגישים על ידי PubMed באופן מקומי באמצעות כלי לא רשמי כגון MEDOC.
מיליוני רשומות PubMed מגדילות מערכי נתונים פתוחים שונים לגבי גישה פתוחה, כמו Unpaywall. כלי ניתוח נתונים כמו Unpaywall Journals משמשים את הספריות כדי לסייע בביטולים של עסקאות גדולות : ספריות יכולות להימנע מנויים לחומרים שכבר מוגשים בגישה פתוחה מיידית דרך ארכיונים פתוחים כמו PubMed Central.
PubMed Central
PubMed Central PMC הוא מאגר דיגיטלי חינמי המאחסן מאמרים אקדמיים בטקסט מלא בגישה פתוחה שפורסמו בכתבי עת ביו-רפואי ומדעי החיים. בתור אחד ממאגרי המידע העיקריים שפותחו על ידי המרכז הלאומי למידע ביוטכנולוגיה (NCBI), PubMed Central הוא יותר ממאגר מסמכים. הגשות ל-PMC מתווספות לאינדקס ומעוצבות עבור מטא נתונים משופרים, אונטולוגיה רפואית ומזהים ייחודיים המעשירים את הנתונים המובנים ב-XML עבור כל מאמר. ניתן לקשר תוכן בתוך PMC למאגרי מידע אחרים של NCBI ולגשת אליהם באמצעות מערכות חיפוש ואחזור של Entrez, מה שמשפר עוד יותר את יכולתו של הציבור לגלות, לקרוא ולהתבסס על הידע הביו-רפואי שלו.
PubMed Central שונה מ- PubMed. PubMed Central הוא ארכיון דיגיטלי חינמי של מאמרים מלאים, נגיש לכל אחד מכל מקום באמצעות דפדפן אינטרנט (עם הוראות שונות לשימוש חוזר). לעומת זאת, למרות ש-PubMed הוא מסד נתונים שניתן לחיפוש של ציטוטים ביו-רפואיים ותקצירים, המאמר בטקסט המלא נמצא במקום אחר (בדפוס או מקוון, בחינם או מאחורי חומת תשלום למנויים.
נכון לדצמבר 2018, ארכיון ה-PMC הכיל למעלה מ-5.2 מיליון מאמרים, עם תרומות שהגיעו ממפרסמים או מחברים שהפקידו את כתבי היד שלהם למאגר בהתאם למדיניות הגישה הציבורית של NIH. נתונים קודמים מראים כי מינואר 2013 עד ינואר 2014 ההפקדות ביוזמת המחבר עלו על 103,000 מאמרים במהלך תקופה של 12 חודשים. PMC מזהה כ-4,000 כתבי עת המשתתפים ביכולת מסוימת להפקיד את התוכן המפורסם שלהם במאגר ה-PMC. חלק מבעלי האתרים דוחים את פרסום המאמרים שלהם ב-PubMed Central למשך זמן מוגדר לאחר הפרסום, המכונה "תקופת אמברגו", הנעה בין מספר חודשים למספר שנים, תלוי בכתב העת. (אמברגו של שישה עד שנים עשר חודשים הם הנפוצים ביותר.) PubMed Central היא דוגמה מרכזית ל"הפצה חיצונית שיטתית על ידי צד שלישי", שעדיין אסורה בהסכמי התורמים של מפרסמים רבים.
היסטוריה
PubMed Central התחיל בתור E-biomed, שהוצע לראשונה במאי 1999 על ידי מנהל ה-NIH דאז הרולד וומוס. הרעיון עלה לו "בפתאומיות" בדצמבר 1998, בהשראת השימוש המוקדם ב- arXiv להדפסות מקדימות לאחר מצגת של פט בראון מסטנפורד ודיוויד ליפמן, מנהל NCBI :
אבל הדעות שלי התרחבו בפתאומיות בוקר אחד בדצמבר 1998, כשפגשתי את פט בראון לקפה, בבית הקפה שהיה בעבר מאפיית טסאג'רה המפורסמת, בפינת קול ופרנסוס, במהלך ביקור בסן פרנסיסקו. כמה שבועות לפני הקפה שלנו, פט למד על השיטות בהן השתמש הפיזיקאי פול גינספארג ועמיתיו בלוס אלמוס כדי לאפשר לפיזיקאים ומתמטיקאים לחלוק את עבודתם זה עם זה דרך האינטרנט. הם פרסמו "טביעות מקדימות" (מאמרים שעדיין לא הוגשו או התקבלו לפרסום) באתר אינטרנט נגיש לציבור (הנקרא LanX או arXiv) לכל אחד לקרוא ולבקר. ככל שחשבתי על כך יותר, כך השתכנעתי שארגון מחדש רדיקלי של שיטות לפרסום, שידור, אחסון ושימוש בדוחות מחקר ביו-רפואי עשוי להיות אפשרי ומועיל. ברוח של התלהבות ותמימות פוליטית, כתבתי מניפסט ארוך, המציע יצירת מערכת מקוונת הנתמכת על ידי NIH, בשם E-biomed.
המטרה של E-biomed הייתה לספק גישה חופשית לכל המחקר הביו-רפואי. מאמרים שהוגשו ל-E-biomed יכולים לקחת אחד משני מסלולים: או שפורסמו מיד כהדפסה מוקדמת, או באמצעות תהליך ביקורת עמיתים מסורתי. תהליך הביקורת עמיתים היה להידמות לכתבי עת עכשוויים, כאשר ועדת מערכת חיצונית שומרת על שליטה על תהליך הביקורת, האצירה והרשימה של מאמרים שאחרת היו נגישים באופן חופשי בשרת E-biomed המרכזי. Varmus התכוון לממש את האפשרויות החדשות שהוצגו על ידי העברת תוצאות מדעיות בצורה דיגיטלית, דימיון שיחה מתמשכת על עבודה שפורסמה, מסמכים מנוסחים ופורמטים "שכבתיים" מועשרים המאפשרים מספר רמות פירוט.
ההצעה ליצור אינדקס מרכזי למחקר ביו-רפואי הייתה חריגה קיצונית מנורמות הפרסום הרווחות. לפני האינטרנט, אינדקסים של פרסומים פעלו ברובם כמו ISBN : שהוקצו על ידי סוכנויות רישום לבעלי אתרים משניים. הרעיון שכל אחד יכול להיות בעל מרחב כתובות משלו באמצעות שם דומיין וליצור מערכת אינדקס משלו היה רעיון חדש לחלוטין. מפרסמים מסחריים גדולים החלו להתנסות במערכת אינדקס למאמרים מדעיים ששותפו בין מפרסמים כבר ב-1993, ודורבנו לפעול בעקבות ההצעה E-biomed.
בוועידת STM השנתית של פרנקפורט באוקטובר 1999, כמה מוציאים לאור בראשות ספרינגר-ורלג הגיעו לקונצנזוס נחפז בחדר הישיבות להשיק את אב הטיפוס של המתחרה שלהם:
בישיבת מועצת המנהלים של עמותת STM, שהתקיימה אחר הצהריים של יום שני, 11 באוקטובר, לפני פתיחת היריד ביום רביעי, התמקדו הדיון ביוזמת הספרייה הלאומית לרפואה של ארה"ב (NLM) הנקראת E-Biomed (לימים PubMed Central) שהייתה הוצע על ידי Harold Varmus מהמכונים הלאומיים לבריאות באביב 1999. Varmus ראה בעיני רוחו ארכיון דיגיטלי של כתבי עת, נגיש ללא תשלום ועם הערך המוסף של קישור עזר. "ההסכמה שלנו הייתה שהמפרסמים צריכים להיות אלה שעושים את הקישור", אמר בוב קמפבל, שניהל את הפגישה. "מכיוון שהיינו 'גבוה יותר בזרם', כביכול, אנחנו אמורים להיות מסוגלים לקשר את המאמרים שלנו לפני ה-NLM כחלק מתהליך הפקתם. לאחר מכן סטפן פון הולצברינק התחיל להתגלגל בכך שהציע לקשר את פרסומי Nature עם זה של כל אחד אחר, החלטנו להוציא הודעה על יוזמה רחבה של קישור STM. זה היה כמובן מהלך אסטרטגי בלבד, מכיוון שלא היו לנו תוכנית ולא אב טיפוס.
קבוצה קטנה בראשות ארנוד דה קמפ מ-Springer-Verlag נפגשה בחדר סמוך מיד לאחר ישיבת הדירקטוריון כדי לנסח את ההודעה, שהופצה לכל משתתפי האסיפה השנתית של STM למחרת ופורסמה בפרסום חברות STM. היתרון הפוטנציאלי של השירות שיהפוך ל-CrossRef היה ברור מיד. ארגונים כמו AIP ו-IOP (המכון לפיזיקה) החלו לקשר זה לפרסומים של זה, וחוסר האפשרות לשכפל הסדרים נקודתיים כאלה ברחבי התעשייה הייתה ברורה. כפי שניסח זאת מאוחר יותר טים אינגולדסבי, "כל הסכמי הקישור האלה הלכו להרוג אותנו".
תחת לחץ של לובינג נמרץ מצד מפרסמים מסחריים ואגודות מדעיות שחששו מאובדן רווחים, פקידי NIH הכריזו על הצעה מתוקנת של PubMed Central באוגוסט 1999. PMC תקבל הגשות ממו"לים, במקום מחברים כמו ב-E- ביומד. פרסומים הורשו חומות תשלום שהוטלו עליהם אמברגו בזמן עד שנה. PMC יאפשר רק עבודה בביקורת עמיתים – ללא הדפסות מקדימות. מערכת הקישור בהובלת מוציא לאור ללא שם, זמן קצר לאחר מכן, הפכה ל-CrossRef ולמערכת ה-DOI הגדולה יותר. Varmus, בראון ואחרים, כולל מייקל אייזן, המשיכו לייסד את הספרייה הציבורית למדע PLoS בשנת 2001, והגיעו למסקנה "שאם אנחנו באמת רוצים לשנות את הפרסום של מחקר מדעי, אנחנו חייבים לעשות את הפרסום בעצמנו".
אימוץ
ראה גם: מדיניות גישה ציבורית של NIH
המאגר, שהושק בפברואר 2000, גדל במהירות מכיוון שמדיניות הגישה הציבורית של NIH נועדה להפוך את כל המחקרים הממומנים על ידי המכון הלאומי לבריאות (NIH) לנגיש באופן חופשי לכל אחד, ובנוסף, מפרסמים רבים עובדים בשיתוף פעולה עם ה-NIH לספק גישה חופשית ליצירותיהם. בסוף 2007, נחתם חוק התקציבים המאוחדים משנת 2008 (HR 2764) לחוק וכלל הוראה המחייבת את ה-NIH לשנות את המדיניות שלו ולדרוש הכללה ב-PubMed Central עותקים אלקטרוניים מלאים של המחקר והממצאים שנבדקו על ידי עמיתים. ממחקר במימון NIH. מאמרים אלה נדרשים להיכלל בתוך 12 חודשים ממועד הפרסום. זו הפעם הראשונה שממשלת ארה"ב דורשת מסוכנות לספק גישה פתוחה למחקר והיא התפתחות ממדיניות 2005, שבה ה-NIH ביקש מחוקרים להוסיף מרצונם את המחקר שלהם ל-PubMed Central.
גרסה בריטית של מערכת PubMed Central, UK PubMed Central (UKPMC), פותחה על ידי Wellcome Trust והספרייה הבריטית כחלק מקבוצה בת תשעה כוחות של מממני מחקר בבריטניה. מערכת זו עלתה לאוויר בינואר 2007. ב-1 בנובמבר 2012 היא הפכה ל-Europe PubMed Central. החבר הקנדי ברשת PubMed Central International, PubMed Central Canada, הושק באוקטובר 2009.
הספרייה הלאומית לרפואה "NLM Journal Publishing Tag Set" שפת סימון מאמרי כתב העת זמינה באופן חופשי. איגוד מפרסמי החברה המלומדים והמקצועיים מעירים כי "סביר להניח שהוא יהפוך לסטנדרט להכנת תוכן אקדמי עבור ספרים וכתבי עת כאחד". DTD קשור זמין עבור ספרים. ספריית הקונגרס והספרייה הבריטית הכריזו על תמיכה ב-NLM DTD. זה היה פופולרי גם בקרב ספקי שירותי כתב עת.
עם שחרורו של תוכניות גישה לציבור עבור סוכנויות רבות מעבר ל-NIH, PMC נמצאת בתהליך להפוך למאגר למגוון רחב יותר של מאמרים. זה כולל תוכן של נאס"א, כשהממשק ממותג בשם "PubSpace".
טכנולוגיה
מאמרים נשלחים ל-PubMed Central על ידי מפרסמים ב- XML או SGML, תוך שימוש במגוון DTDs של מאמרים. לבעלי אתרים מבוגרים וגדולים יותר עשויים להיות DTDs מבוססים משלהם, אך מוציאים לאור רבים משתמשים ב-NLM Journal Publishing DTD (ראה לעיל).
מאמרים שהתקבלו מומרים באמצעות XSLT ל-NLM Archiving and Interchange DTD דומה מאוד. תהליך זה עשוי לחשוף שגיאות המדווחות חזרה למפרסם לתיקון. גרפיקה מומרת גם לפורמטים וגדלים סטנדרטיים. הטפסים המקוריים והמומרים נשמרים בארכיון. הטופס המומר מועבר למסד נתונים יחסי, יחד עם קבצים משויכים לגרפיקה, מולטימדיה או נתונים משויכים אחרים. מפרסמים רבים מספקים גם PDF של המאמרים שלהם, ואלה זמינים ללא שינוי.
ציטוטים ביבליוגרפיים מנותחים ומקושרים אוטומטית לתקצירים הרלוונטיים ב-PubMed, למאמרים ב-PubMed Central ולמשאבים באתרי האינטרנט של מפרסמים. קישורי PubMed מובילים גם ל-PubMed Central. הפניות בלתי פתירות, כגון כתבי עת או מאמרים מסוימים שעדיין אינם זמינים באחד מהמקורות הללו, עוקבים במסד הנתונים ומגיעים אוטומטית ל"חי" כאשר המשאבים הופכים זמינים.
מערכת אינדקס פנימית מספקת יכולת חיפוש, ומודעת למינוחים ביולוגיים ורפואיים, כגון שמות תרופות גנריים לעומת קנייניים, ושמות חלופיים לאורגניזמים, מחלות וחלקים אנטומיים.
כאשר משתמש ניגש לגיליון כתב עת, נוצר אוטומטית תוכן עניינים על ידי שליפת כל המאמרים, המכתבים, מאמרי המערכת וכו' עבור אותו גיליון. כאשר מגיעים לפריט ממשי כגון מאמר, PubMed Central ממיר את סימון ה-NLM ל- HTML לצורך מסירה, ומספק קישורים לאובייקטי נתונים קשורים. זה אפשרי מכיוון שמגוון הנתונים הנכנסים הומר לראשונה ל-DTDs סטנדרטיים ולפורמטים גרפיים.
בזרם הגשה נפרד, מחברים במימון NIH רשאים להפקיד מאמרים ב-PubMed Central באמצעות הגשת כתב היד של NIH (NIHMS). מאמרים שנשלחים כך עוברים בדרך כלל סימון XML על מנת שיומרו ל-NLM DTD.
קבלה
התגובות ל-PubMed Central בקרב קהילת המפרסמים המלומדים נעות בין התלהבות אמיתית של חלקם, לדאגה זהירה של אחרים.
בעוד PMC היא שותפה מבורכת לבעלי אתרים עם גישה פתוחה ביכולתה להגביר את הגילוי וההפצה של ידע ביו-רפואי, אותה אמת גורמת לאחרים לדאוג שהתנועה תופנה מהגרסה שפורסמה של הרשומה, כמו גם ההשלכות הכלכליות של פחות קהל קוראים. כהשפעה על שמירה על קהילת חוקרים בתוך חברות מלומדות. ניתוח משנת 2013 מצא ראיות חזקות לכך שמאגרים ציבוריים של מאמרים שפורסמו היו אחראים ל"משיכת מספר משמעותי של קוראים הרחק מאתרי כתבי עת" וכי "ההשפעה של PMC הולכת וגוברת עם הזמן".
ספריות, אוניברסיטאות, תומכי גישה פתוחה, קבוצות תמיכה בבריאות צרכנים וארגוני זכויות חולים מחאו כפיים ל- PubMed Central ומקווים לראות מאגרי גישה ציבוריים דומים שפותחו על ידי סוכנויות מימון פדרליות אחרות כדי לשתף באופן חופשי כל פרסומי מחקר שהיו תוצאה של תמיכת משלם המסים.
המחקר של אנטלמן על פרסום בגישה פתוחה מצא שבפילוסופיה, מדעי המדינה, הנדסת חשמל ואלקטרוניקה ומתמטיקה, למאמרי גישה פתוחה הייתה השפעה מחקרית גדולה יותר. ניסוי אקראי מצא עלייה בהורדת תוכן של מאמרים בגישה פתוחה, ללא יתרון ציטוט על פני גישה למנוי שנה לאחר הפרסום.
מדיניות ה-NIH ומאגר הגישה הפתוחה היוו השראה להנחיה נשיאותית משנת 2013, אשר עוררה פעולה גם בסוכנויות פדרליות אחרות.
במרץ 2020, PubMed Central האיצה את הליכי ההפקדה שלה עבור הטקסט המלא של פרסומים על נגיף הקורונה. ה-NLM עשה זאת על פי בקשה ממשרד הבית הלבן למדיניות מדע וטכנולוגיה ומדענים בינלאומיים כדי לשפר את הגישה למדענים, ספקי שירותי בריאות, חדשני כריית נתונים, חוקרי שירותי בריאות בינה מלאכותית והציבור הרחב.
PMCID
ה-PMCID מזהה PubMed Central, הידוע גם כמספר הפניה של PMC, הוא מזהה ביבליוגרפי עבור מסד הנתונים הפתוחים של PubMed Central, בדומה ל- PMID שהוא המזהה הביבליוגרפי של מסד הנתונים של PubMed.
עם זאת, שני המזהים נפרדים.
הוא מורכב מ"PMC" ואחריו מחרוזת מספרים.
הפורמט הוא:
PMCID: PMC1852221
מחברים המבקשים לקבל פרסי NIH חייבים לכלול את ה-PMCID בבקשתם.