אנטרז
ה- Entrez IPA: ) מערכת חיפוש חוצה מסדי נתונים גלובלית של שאילתות היא מנוע חיפוש מאוחד, או פורטל אינטרנט המאפשר למשתמשים לחפש במאגרי מידע דיסקרטיים רבים של מדעי הבריאות באתר האינטרנט הלאומי למידע ביוטכנולוגיה (NCBI). ה-NCBI הוא חלק מהספרייה הלאומית לרפואה (NLM), שהיא בעצמה מחלקה של המכון הלאומי לבריאות (NIH), שבתורה היא חלק ממחלקת הבריאות ושירותי האנוש של ארצות הברית. השם "אנטרז" (ברכה שמשמעותה "היכנס" בצרפתית) נבחר כדי לשקף את הרוח של קבלת הפנים לציבור לחפש בתוכן הזמין מה-NLM.
Entrez Global Query היא מערכת חיפוש ואחזור משולבת המספקת גישה לכל מסדי הנתונים בו זמנית עם מחרוזת שאילתה אחת וממשק משתמש. Entrez יכול לאחזר ביעילות רצפים, מבנים והפניות קשורים. מערכת Entrez יכולה לספק תצוגות של רצפי גנים וחלבונים ומפות כרומוזומים.
מספר ספרי לימוד זמינים גם באינטרנט באמצעות מערכת Entrez.
תכונות
העמוד הראשי של Entrez מספק, כברירת מחדל, גישה לשאילתה הגלובלית. ניתן לחפש בכל מסדי הנתונים שנוספו על ידי Entrez באמצעות מחרוזת שאילתה אחת, התומכת באופרטורים בוליאניים ותגיות מונחי חיפוש כדי להגביל חלקים מהצהרת החיפוש לשדות מסוימים. זה מחזיר דף תוצאות מאוחד, המציג את מספר ההתאמות לחיפוש בכל אחד מבסיסי הנתונים, המקושרים גם לתוצאות החיפוש בפועל עבור מסד הנתונים המסוים הזה.
Entrez מספקת גם ממשק דומה לחיפוש בכל מסד נתונים מסוים ולשיפור תוצאות החיפוש. התכונה Limits מאפשרת למשתמש לצמצם חיפוש, ממשק טפסי אינטרנט. התכונה 'היסטוריה' מספקת רשימה ממוספרת של שאילתות שבוצעו לאחרונה. ניתן להתייחס לתוצאות של שאילתות קודמות לפי מספר ולשלב אותם באמצעות אופרטורים בוליאניים. ניתן לשמור את תוצאות החיפוש באופן זמני בלוח. משתמשים עם חשבון MyNCBI יכולים לשמור שאילתות ללא הגבלת זמן, וגם לבחור לקבל עדכונים עם תוצאות חיפוש חדשות בדואר אלקטרוני עבור שאילתות שמורות של רוב מסדי הנתונים.
הוא נמצא בשימוש נרחב בתחום הביוטכנולוגיה ככלי התייחסות לסטודנטים ואנשי מקצוע כאחד.
מאגרי מידע
Entrez מחפש במאגרי המידע הבאים:
PubMed : ציטוטים ותקצירים של ספרות ביו-רפואית, כולל Medline – מאמרים מכתבי עת (בעיקר רפואיים, לרוב כוללים תקצירים. קישורים ל-PubMed Central ומשאבים אחרים בטקסט מלא מסופקים למאמרים משנות ה-90.
PubMed Central : מאמרי כתב עת בחינם בטקסט מלא
חיפוש באתר: אתרי אינטרנט ו-FTP של NCBI
ספרים: ספרים מקוונים
ירושה מנדלית מקוונת באדם (OMIM)
נוקלאוטיד : מסד נתונים של רצף GenBank
חלבון : מסד נתונים של רצף GenPept
גנום : רצפי גנום שלם ומיפוי
מבנה : מבנים מקרומולקולריים תלת מימדיים
טקסונומיה : אורגניזמים בטקסונומיה של GenBank
dbSNP : פולימורפיזם נוקלאוטיד בודד
גן : מידע ממוקד גנים
HomoloGene : קבוצות הומולוגיה אוקריוטיות
תרכובת PubChem : מבנים כימיים ייחודיים של מולקולה קטנה
PubChem Substance: רישומי חומרים כימיים שהופקדו
פרויקט הגנום : מידע על פרויקט הגנום
UniGene : אשכולות מוכווני גנים של רצפי תמלול
CDD : מסד נתונים של תחום חלבון שמור
PopSet : מערכי נתונים של מחקר אוכלוסיה אפידמיולוגיה
פרופילי GEO : פרופילי ביטוי ושפע מולקולרי
GEO DataSets : סטים ניסיוניים של נתוני GEO
ארכיון קריאת רצף : נתוני רצף בתפוקה גבוהה
כרומוזומי סרטן : מאגרי מידע ציטוגנטיים
PubChem BioAssay : מסכי פעילות ביולוגית של חומרים כימיים
בדיקה : ריאגנטים ספציפיים לרצף
קטלוג NLM : נתונים ביבליוגרפיים של NLM עבור למעלה מ-1.2 מיליון כתבי עת, ספרים, אודיו-ויזואליים, תוכנות מחשב, משאבים אלקטרוניים וחומרים אחרים השוכנים ב-LocatorPlus (מתעדכן בכל יום חול).
גישה
בנוסף לשימוש בטפסים של מנוע החיפוש כדי לבצע שאילתות על הנתונים ב-Entrez, NCBI מספקת את Entrez Programming Utilities (eUtils) לגישה ישירה יותר לתוצאות השאילתה.
הגישה אל ה-eUtils מתבצעת על ידי פרסום כתובות URL שנוצרו במיוחד לשרת NCBI, וניתוח תגובת ה-XML.
היה גם ממשק SOAP של eUtils שהופסק ביולי 2015.
היסטוריה
בשנת 1991, אנטרז הוצג בצורת תקליטור. בשנת 1993, גרסת שרת-לקוח של התוכנה סיפקה קישוריות לאינטרנט.
בשנת 1994, NCBI הקימה אתר אינטרנט, ואנטרז היה חלק מההוצאה הראשונית הזו.
בשנת 2001 שוחרר מדף הספרים של Entrez ובשנת 2003 פותח מסד הנתונים של Entrez Gene.